体形
泥鳅苗体较小而细长，前端呈亚圆筒形！腹部圆，后端侧扁。体高与体长之比为1.7：8。
头部
泥鳅头部较尖，吻部向前突出，倾斜角度大，吻长小于眼后头长。口小，亚下位，呈马蹄形。唇软，有细皱纹和小突起。眼小，覆盖皮膜，上侧位视觉不发达。鳃裂止于胸鳍基部。
须
泥鳅的须有5对，其中吻端1对，上颔1对，口角1对，下唇2对。口须最长可伸至或略超过眼后缘；但也有个别的较短，仅长达盖骨。泥鳅的这5对须，对触觉和味觉极敏锐。
鳞
泥鳅头部无鳞，体表鳞极细小，圆形，埋于皮下。侧线鳞125一150枚。
体表
泥鳅的体表黏液丰富。体背及体侧2/3以上部位呈灰黑色，布有黑色斑点，体侧下半部灰白色或浅黄色。栖息在不同环境中的泥鳅体色略有不同。
鳍
梁山泥鳅苗背鳍无硬刺，不分支鳍条为3根，分支鳍条为8根，共11根。背鳍与腹鳍相对，但起点在腹鳍之前，约在前鳃盖骨的后缘和尾鳍基部的中点。胸鳍距腹鳍较远，腹鳍短小，起点位于背鳍基部中后方，腹鳍不达臀鳍。尾鳍呈圆形。胸鳍、腹鳍和臀鳍为灰白色，尾鳍和背鳍具有黑色小斑点，尾鳍基部上方有显著的黑色斑点。

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