在食品加工厂采用臭氧杀菌消毒的场所也很多，如臭氧对车间空气消毒、对食品表面的灭菌作用、对食品包装袋材料的消毒、对食品的保鲜作用、对食品原料中的细菌，病毒，有毒物质的分解等等。
1 各国在食品加工车间臭氧的应用
1995--1996年间，日本、法国和澳大利亚相继立法，允许臭氧在食品工业中广泛使用。国食品与医药管理局1997年4月，修改了一直把臭氧作为“食品添加剂”限制使用的规定，允许不必申请即可在食品加工、贮藏中使用臭氧。不言而喻，这对世界各国食品加工业应用臭氧技术具有举足轻重的推动和影响。
1909年德国在食肉冷藏时用臭氧灭菌，开创臭氧灭菌法在食品工业中的应用。日本从1980年起研究食品臭氧灭菌技术.臭氧可用于食品加工车间，生产用水及工作人员工作服的消毒灭菌。臭氧还可用于食品加工过程中的消毒杀菌，如对食品容器、食品机械、加工车间进行杀菌消毒，保持生产路线的清洁。国外的红酒酒厂就将臭氧用于酒桶、酒池、生产设备和厂房的清理。对于食品原材料也可利用臭氧进行灭菌处理，臭氧可杀灭食品原料表面附着的微生物，延缓其新陈代谢，保持原料的新鲜度。对于食品包装材料可先臭氧水浸渍灭菌处理，然后用臭氧预处理过的无菌热风进行干燥。臭氧包装，即把臭氧气体或臭氧水封人密封包装袋中，以抑制大肠杆菌等微生物的生长，日本现已用于酱菜、生鲜海产品的包装.
2 食品加工车间空气消毒臭氧发生器的应用
在食品加工车间采用的是将臭氧直接释放到空气中的方法，使整个空间及该空间中物品的周围充满臭氧气体，在臭氧强氧化作用下，达到消毒杀菌的目的。在加工车间使用臭氧的一个重要问题是确定开始供给杀菌的目的。在加工车间使用时加工车间内的细菌处于最低状态。一般可供车间臭氧两小时，封闭分解两小时，那么在工人上班前4小时给加工车间供给臭氧消毒最合适，这样即达到杀菌、消毒的效果，又使上班的工人嗅不到明显的臭氧味。若因需要非得在有人的环境下进行消毒工序时，则应在车间的局部密封室内进行，不得使臭氧泄漏到车间的其它部位，否则当车间的臭氧超过允许浓度时，对人身不利，极易对人的呼吸道造成危害。
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