海水淡化设施从海洋中取水和向入海口排放盐分时都会对海洋生物构成威胁。同时，报告还指出目前的海水淡化技术并不能充分去除天然海水中会对人体产生危害的硼元素。虽然关于海水淡化的影响有“相当多的不确定性”，但是该报告认为海水淡化项目可以继续实施，不过必须对如何降低风险进行进一步地研究。“这种确定性还不至于影响到项目的推进，”从任何水源取水都会对环境造成影响，我们要做的是减小这种影响。
随着气候变化的加剧，水资源的稀缺性将使越来越多的国家开发海水淡化技术，特别是处于中东地区的干旱国家。目前海水淡化水只占到全世界饮用水总量的1%，但根据国际海水淡化联合会的统计数据，从1994年到2004年，海水淡化的生产能力间已经增长了两倍多。
海水淡化厂的排放物几乎完全是水，只有0.01%的盐分。虽然入海口生物在该排放范围内可以生存，但是目前尚不明确盐度的升高是否会对入海口处及海生生物的发展产生影响。因为存在这种不确定性，所以去除咸水中的盐分时向海水中排放一般没问题。虽然我们还需要进一步的研究，但一般来说是可行的。而向淡水中排放则并不是一个长久之计。”
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