蒸发器极易结垢，正常在夏季供冷期应该做日常水处理，否则在高硬度水质的环境下运行，循环水系统内溶于水中的无机盐就会随着温度的升高结晶析出，在冷凝器换热面管壁上形成水垢，导致热交换效率降低。同时硬垢增加，则能耗上升，结硬质水垢1mm厚时会增加6%~10%。
由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上细菌、藻类等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，会附着在冷凝器换热管壁上形成泥垢，严重时造成管路堵塞；而污垢、粘泥会影响热交换效率，多耗电能，造成高压运行，严重时造成超压停机。所有这些严重地影响了冷凝器的正常运行。
蒸发器清洗分为物理清洗和化学清洗，物理清洗一般用高压水射流将冷凝器铜管的泥垢清理出来；如果结垢为硬质水垢，应进行化学清洗，物理方式无法将水垢除去。为了使冷凝器在最优化状态下运行，就必须对冷凝器进行专门的化学药物处理，清除水垢、锈蚀、粘泥、杀菌和防腐蚀处理，还原成清洁的金属表面。