洁净室设计应充分认识到洁净技术是综合技术，它是一项由相关专业综合完成的工程设计。它与一般工业厂房设计虽有相似之处，但也具有自身的特点，其主要的特点如下。
根据洁净室生产的产品门类，品种或使用情况，确定所设计洁净室的控制对象及技术要求。如生物洁净室，其控制对象是空气中的尘粒，微生物，但不同产品或用途的生物洁净室，对空气洁净度等级，空气中含有的微生物种类和浓度、压差等要求是不同的。又如集成电路生产用洁净室，其控制对象包括微粒，金属离子，细菌，化学污染物/分子污染物AMC,按集成电路产品特性，特征尺寸，集成度的不同，其生产用洁净室对空气洁净度等级，污染物控制和防微振，高纯物质的纯度以及杂质含量等要求是不同的，应按具体工程项目的产品品种确定。
为确保洁净室内 所必须的空气洁净度，洁净室设计中涉及的各个专业设计均应采取准确的，可靠的技术措施，以减少或防止室内产尘，滋生微生物和分子污染物，减少或阻止将微粒/微生物/分子污染物或可能会造成交叉污染的物料带入洁净室内，有效地将室内的微粒微生物分子污染物清除，排出，减少或防止它们滞留洁净室内。对于因尘粒微生物分子污染物或物料的交叉污染会危害产品质量或人身安全时，还应采取安全，可靠的技术措施防止交叉污染，如严格控制不同用途的洁净室之间的静压差，按要求合理地划分净化空调系统以及回风系统，排风系统的准确设计等。
洁净室设计是各专业设计技术的综合，尤其是洁净室的工艺设计，洁净建筑设计，空气净化设计和各种特殊要求的设计技术的密切协同，相互渗透和合理安排的综合技术设计，洁净室设计应做到顺应工艺或使用流程，合理选择各类设备和装置，尽力实现人流和物流的顺畅短捷，气流流型选择得当，净化空调系统和排风系统配置合理，各种特殊要求的专业技术措施得当，洁净厂房的平面，空间布置合理，实现安全稳定，可靠经济运行的洁净厂房设施。
洁净室设计应确保安全生产和满足环境保护的要求。洁净室的布置和各项设施的设计均必须符合消防，防火以及安全运行的要求，应按国家有关标准，规范进行设计，由于洁净室内的平面和空间布置特殊，走道曲折等特点，在进行各项技术设施的系统设计，设备配置和材质选择时，应特别注意按规定选用符合要求的系统，设备和材质。
随着科学技术的发展，工业产品的更新换代很快，人们对生活质量的要求也越来越高，工业洁净室，生物洁净室的建造日新月异，因此洁净室设计本身变具有高新技术，技术密集和资金密集的特点。为了提高洁净室建成后的技术经济效益，在进行洁净室设计时应设法尽可能地考虑一定的灵活性，以便使建成后的洁净室能随着科学技术的发展，可以方便地进行技术改造，适应产品换代或设备更新的要求。近年来，在微电子工业超大规模集成电路生产，隔离装置及微环境的不断研发，并被广泛采用，便是一种能够适应技术发展的灵活的及有综合经济性的洁净厂房设计。
