一是无污染、无公害。生物复合肥是天然有机物质与生物技术的有效组合。它所包含的菌剂，具有加速有机物质分解作用，为作物制造或转化速效养分提供“动力”。同时菌剂兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潜在养分的作用。
　二是配方科学、养分齐全。生物有机复合肥料一般是以有机物质为主体，配合少量的化学肥料，按照农作物的需肥规律和肥料特性进行科学配比，与生物“活化剂” （如EM菌）完美组合，除含有氮、磷、钾大量营养元素和钙、镁、硫、铁、硼、锌、硒、钼等中微量元素外，还含有大量有机物质、腐殖酸类物质和保肥增效剂，养分齐全，速缓相济，供肥均衡，肥效持久。
三是活化土壤、增加肥效。生物肥料具有协助释放土壤中潜在养分的功效。对土壤中氮的转化率达到5—13.6%；对土壤中磷、钾的转化率可达到7—15.7%和8—16.6%。
四是低成本、高产出。在生育期较短的第三、四积温带，生物有机复合肥可替代化肥进行一次性施肥，降低生产成本。如大豆每亩施用生物复合专用肥30— 40kg，玉米每亩施用专用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既节省投资，又节省投工。与常规施用化肥相比，在等价投入的情况下，粮食作物每亩可增产10—20%。
五是提高产品品质、降低有害积累。由于生物复合肥中的活菌和保肥增效剂的双重作用，可促进农作物中硝酸盐的转化，减少农产品硝酸盐的积累。与施用化学肥料相比，可使产品中硝酸盐含量降低20—30%，VC含量提高30—40%，可溶性糖可提高1—4度。产品口味好、保鲜时间长、耐储存。
六是有效提高耕地肥力、改善土壤供肥环境。生物肥中的活菌所溢出的孢外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，能够疏松土壤，增强土壤团粒结构，提高保水保肥能力，增加土壤有机质，七是抑制土传病害。生物肥能促进作物根际有益微生物（EM菌）的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物（EM菌）和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
八 是促进作物早熟。