芽孢杆菌可以降低水体中硝酸盐、亚硝酸盐的含量，从而起到改善水质的作用。还能与养殖环境中的有害藻类以及各种致病菌竞争，形成优势种群，从而能够有一定的抑制作用。

芽孢杆菌的使用：        

建议晴天上午或者中午的时候使用，最好同时能够有风、有波浪。  切记：阴雨天、天气闷热的时候解决不能使用芽孢！这种天气塘口本身就容易缺氧，加之使用芽孢杆菌后会加速缺氧情况的发生！ 枯草芽孢杆菌的使用方法枯草芽孢杆菌在水产养殖中有两种使用方法，一种是净水用，另一种是内服。

1、净水用；这是绝大多数芽孢杆菌的使用情况，也是最常见的。枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，能够分解各种有机质，综合净化水环境，改善不良水质。

2. 内服使用；即添加到饲料中给水产动物食用，其实很多很多内服制剂以及饲料中也添加芽孢制剂。可以改善鱼虾蟹的肠胃功能，提高饲料的利润率，改善肉质，促进长生，防病效果很好。主要是靠芽孢杆菌的占位效应，还有就是能够产生有益代谢产物。