用于分离蛋白生产的原料豆粕应是清洗、去皮、溶剂脱脂，低温或者闪蒸脱溶后的低变性豆粕。这种豆粕含杂质少，蛋白含量较高，蛋白变性程度低，适应于大豆分离蛋白生产。
浸提工艺：
从豆粕中萃取蛋白质时，加水量，PH，温度，浸提时间对分离蛋白的得率有很大影响。
浸泡：很多企业都是先将豆粕干法粉碎后再与水混合浸提，干法不利于蛋白质的提取率，而且容易使蛋白质发生热变性。若将脱脂豆粕加水先浸泡一段时间再磨浆，这样可以有效的提高蛋白质的提取率。用水浸泡大豆蛋白时，加水量，浸泡时间都会影响成品的得率，同时在磨浆阶段，浆料粒度也并不是越细越好，当浆料的粒度太细反而会使蛋白得率和浸提的效果 下降，同时增加了过滤分离的难度。蛋白质的溶解度与浸提PH有很大关系，所以浸提蛋白的PH必须要有合适的控制范围。
用溶液提取豆粕中的蛋白时，一般来说，在一定的浸提条件下，浸提时间越长，蛋白的溶出率就越高，但是当浸提到一定时间后，蛋白的得率随浸提时间的延长而无显著变化。我们要综合考虑能源消耗，设备周转，生产周期，工艺成本等各种因素来确定合理的时间.
分离工艺
生产分离蛋白工艺过程中，有2个分离工艺，一是提取大豆蛋白后，离心分离蛋白萃取液和豆渣；二是酸沉后离心分离蛋白凝乳和乳清。分离机是大豆分离蛋白生产中的关键设备，一定要充分了解分离机自身性能和对物料的适应性，否则大大影响分离效果，降低蛋白的提取率和纯度。
酸沉、水洗、中和工艺
大豆蛋白的酸沉工艺是主要利用大豆蛋白等电PH条件下溶解度最小的原理，使之凝聚沉淀。严格掌握酸沉所需要的PH才能收到满意的效果。要想做到这点必须做到工艺参数自动控制。
杀菌、均质、干燥工艺
经打浆中和后的蛋白浆液需经热处理。不同温度的热处理对蛋白产品的粘度，凝胶粘度，风味等都有不同的影响。高压均质处理对分离蛋白产品的功能性影响很大，经高压均质处理过的蛋白浆液，粘度明显下降。分离蛋白的干燥一般采用喷雾干燥法，分离蛋白以采用压力式喷雾干燥，先进的浓缩，杀菌方法和合理的喷雾干燥工艺参数，都为大豆蛋白品质提供良好的保障。
