新农合管理系统是实时聚合区域内所有医疗机构的新农合病人医疗数据的数据平台。利用实时获取的HIS数据，平台提供在院病人实时监控和智能化审核功能，也能对审核后的新农合病人进行实时结算垫付，对定点医疗机构和乡镇合管办结算给新农合病人的费用实现统计和管理并能在指定的时间段内完成与区合管办结算。同时，平台能将实时HIS数据和任何预处理了的数据（例如智能化审核后的数据）实时传输到新农合系统，实现与新农合系统的无缝联接。