切纸机的操作比较简单，对环境的要求也不高。通常在一般的办公室采用电源保证供电即可进行工作。一般切纸机具备自动开关系统，只要在输人中故人纸张，切纸器就会自动旋转把纸切碎。也有的切纸机则需要按一下启动键，切纸器便会转动，可继续切纸。碎纸完毕，应按下停止/反向键，使切纸机停止转动。
碎纸前应先检查一下要破碎的文件上是否有曲别针、订书钉等硬物。若有，应除去后再放进入纸口，否则可能损坏刀具。在使用切纸机时，应注意一次不要塞人过多的纸张，尤其是质量较好的纸，使用时更要注意，以免出现卡纸现象纸张放入时尽量不要放歪斜，对比较窄的纸要尽量放在进纸口的中央。
对于早期产品来说，使用时一旦发生卡纸故障，应按倒退键或停机键，使碎能够继续使用。切纸机大都装有过载断电保护装置，当电动机过载发热时，会自动停机。这时应停止使用20一30min，使电动机冷却，同时，再次使用时应考虑适当减少一些输入纸的数量。比较先进的切纸机一旦超载会自动停止、自动退纸，使用更为方便。当切纸机的箱体装满后，有的机器还会自动发出声音，以提醒人们及时清除纸屑。